En su término se hallan restos conservados desde el Neolítico hasta la Alta Edad Media. Los restos abundan sobre todo en el poblado neolítico de la ladera del "Cerro del Castillo", con cuchillos neolíticos de sílex, restos del Bronce Medio, nivel ibérico y cultura romana representada en el hallazgo del "Efebo" en bronce.
Los romanos la bautizaron con el nombre de Ipagro.
Bajo los árabes se llamó Bulay ó Poley y conoció el valor de Omar ben Hafsun, líder de los muladíes, quien la utilizó como base de operaciones.
La cristianización del lugar consta ya en los actos del Concilio de Elvira en el año 306, en el que participó, por ser cabeza de diócesis, su obispo Simagine; y por el Concilio de Córdoba del año 839 sabemos que Recafredo, Obispo de Córdoba, lo era también de Ipagro.
Reconquistada por Fernando III, fue donada a Córdoba hasta que en 1275 Alfonso X la dio a don Gonzalo Yáñez que cambió el nombre de la población por el de Aguilar en memoria de su madre, la señora portuguesa doña María Méndez de Aguilar.
Volvió a pertenecer a la corona y a ser donada primero por don Pedro el Cruel a su ayo, don Alonso Fernández Coronel; más tarde por don Enrique II a don Gonzalo Fernández en 1369. El señorío de Aguilar se mantuvo hasta finales del XVIII.
Personajes destacados
Vicente Núñez, poeta (s. XX).
Beato Nicolás Alberca (s. XIX).
Sor Magdalena de la Cruz, religiosa (s. XV).
José Gómez Ocaña, fisiólogo (s. XIX).
María Coronel, religiosa-fundadora (s. XIV).