En tiempos de los túrdulos fue la antigua Iliturgi.
Durante la época romana fue llamada Andura. Se vio envuelta en las guerras púnicas. Asediada por Asdrúbal, Megón y Ampilcar fue liberada por los Escipiones. De esta época importante para Andújar, quedan algunos restos de muralla en el lugar llamado Andújar el Viejo y el puente de trece arcos sobre el Guadalquivir.
Durante el periodo de al-Andalus fue llamada Alturja.
La conquista cristiana fue llevada a cabo por Alfonso VII en el 1155. Poco tiempo después, volverá a caer en manos musulmanas. En el año 1224 Fernando III la ganó definitivamente con ayuda del rey moro de Baeza. En el año 1373 Juan I la cedió al rey armenio León V, pero a la muerte de éste vuelve a poder de la corona.
En el 1467 el rey Enrique IV le concedería el título de Villa.
Las tropas napoleónicas la saquearon en el 1808. En el palacio de los condes de Gracia Real tuvo lugar el acto de capitulación tras la batalla de Bailén.
En el 1823 el duque de Angulema, general de los Cien Mil Hijos de San Luis, publica las Ordenanzas de Andújar en un intento de frenar la tremenda represión antiliberal llevada a cabo por los absolutistas después de tomar el poder.
En 1835 se constituye en Andújar la primera Junta de Soberanía Central de Andalucía. Se convierte así en la cabeza del movimiento juntero y pionera del autonomismo andaluz.
Personajes destacados
Fray Alonso Ruiz Navarro.
Fray Gómez de San Luis.
Juan Acosta.
Antonio Alcalá Venceslada, escritor.