Término municipal plagado de fuentes, de ahí lo disperso de su población en barriadas o pedanías. Posiblemente sea de origen ibero con el nombre de Vergi (vergel). Los cartagineses ocuparon todas las factorías fenicias de este litoral alrededor del siglo VI a. C. Los romanos la llamaron Virgis. Fue Medina Barcha para los musulmanes, del que procede su nombre definitivo.
Berja procede de tres alquerías musulmanas: Pago, El Zoco y Julbina. Con la sublevación morisca de 1568 y la expulsión posterior en 1570, la taha de Berja es repoblada con 200 vecinos en los cinco lugares que entonces comprendía el municipio: Capileira, Pago, Julfina, Alcaudique y Benejí. Luego, en 1883, se le añadieron los de Beninar, Darrícal y Lucainena.
Entre los barrios o pedanías del municipio podemos destacar Alcaudique, Benejí que cuenta con el yacimiento arqueológico de Villavieja, Castala que según la tradición residió en este lugar San Tesifón, obispo y patrón de Berja y Balanegra, núcleo costero que surge en el siglo XVI en compensación por la pérdida de costa sufrida por la delimitación municipal de Adra.
Berja sufrirá una serie de vicisitudes en diversas épocas de su historia: una plaga de grajas en el año 1576, un huracán destruye parte de sus casas en el 1623, dos terremotos casi asolaron el casco urbano en el 1804 con lo que se remodela arquitectónica y urbanísticamente la ciudad y una epidemia de cólera diezma la población en el 1834.
El siglo XIX destaca por un fuerte desarrollo económico basado en la explotación de las minas de plomo, hoy en día cerradas, y la agricultura con la uva de mesa.
Hoy día, tras un largo periodo de recesión empieza a despertar por la transformación del parral en el cultivo bajo plástico. Además se espera un desarrollo prometedor en el sector turístico.
Personajes destacados
Antonio de Berrío, conquistador.