En su término municipal se han encontrado restos romanos, como un sepulcro con un esqueleto de dimensiones gigantescas, hallado a mediados del siglo XIX.
Según Henríquez de la Jorquera, el origen del actual emplazamiento es de tiempos godos.
Durante la dominación árabe fue cabeza de la Taha de Poqueira, que comprendía los núcleos urbanos de Capileira, Pampaneira, el propio Bubión y el desparecido poblado de Alguastar.
Su historia corre pareja a la de tantos otros pueblos de la Alpujarra, comarca que, por su aislamiento geográfico, ha desarrollado desde siempre una cultura propia y diferenciada, que tuvo su momento de esplendor en el período árabe-andalusí, cuando toda la Alpujarra era un importante emporio agrícola especializado en la producción de seda.
Tras la conquista de Granada (1492) por los Reyes Católicos, la población se vio paulatinamente sometida a una presión que llegó a convertirse en intolerable, y en 1568 un rico terrateniente de la zona, Hernando de Válor, que tomó el nombre de Abén Humeya, se levantó en armas contra Felipe II, provocando una revuelta general entre los moriscos de todo el reino de Granada.
Disensiones internas entre los propios moriscos, que, en 1569, dieron muerte a Abén Humeya, permitieron que Juan de Austria acabara pronto con el levantamiento.
Los moriscos sería definitivamente expulsados en 1609. La Alpujarra se fueron poblando luego con campesinos procedentes de Galicia, León, Asturias y Castilla.
Tuvo jurisdicción propia en el año 1855.