Los restos arqueológicos encontrados nos remontan a la Edad del Hierro continuando con restos de necrópolis romanas. Algunos investigadores sitúan a Hinojosa en la Betoria de los Túrdulos, más concretamente en la Idias romana.
En el siglo III, contaba con una gran población y su presbítero firmó el acta del Concilio de Sevilla.
Tras su reconquista en 1236, Fernando III hace donación de la misma a Diego Martínez.
A mediados del XV era una aldea de Belalcázar. En 1545 Juan II la donó junto a la entonces Gaete, Fuente Obejuna y Belmez al maestre de Calatrava don Gutiérrez de Sotomayor, formando así parte del condado de Sotomayor.
Aunque eclesiásticamente perteneció siempre al obispado del Córdoba, la jurisdicción civil y administrativa estuvo en manos de Extremadura, de la que se independiza para pasar a Córdoba, en 1833 por lo civil y en 1836 por lo administrativo.
Personajes destacados
Marcial Gómez Parejo, pintor.
Padre Juan Ruiz, sacerdote.
Francisco Romero de Paula y Palomeque, escritor.