La segregación de este municipio tuvo lugar el 10 de abril de 1984
del de Felix. Dado que este topónimo hace referencia al lugar
donde se ponen los mojones para separar dos términos o
confrontaciones, posiblemente haga referencia a la división de dos
tahas en la época nazarí, la de Dalías y la de Felix. Con la
conquista cristiana la taha de Dalías fue entregada a Boabdil,
pero al partir para África pasó de nuevo a ser de realengo en
1493, y la taha de Felix junto a Enix y Vícar pasan a la órbita
de Almería. Así pasará también con la división religiosa.
A través de los siglos crearían conflictos frecuentes entre los
dos territorios, de ahí la posible explicación de su nombre.
Cuando realmente La Mojonera comienza a tener entidad será en los
años 60 con la construcción por el Instituto Nacional de
Colonización de un poblado llamado Camponuevo del Caudillo, junto
a una cortijada llamada La Mojonera. Este poblado de colonización
se realizó en tres fases (1958, 1964 y 1967) y estaba formado por
57 viviendas: 35 para colonos, 14 para obreros agrícolas y 8
para servicios sociales de la comunidad. A cada colono se le
entregó 2 hectáreas, aunque estaba estipulado tres y media.
Debido a la mala calidad de las aguas por el exceso de cloruros,
las cosechas no daban el resultado apetecido y es cuando se empezó
a utilizar la técnica del enarenado. Con el auge de la agricultura
intensiva bajo plástico de los años 70 este municipio comenzó a
crecer, incluso los habitantes de Felix y algunos servicios se
fueron trasladando a la nueva entidad formada por Camponuevo-La
Mojonera. El crecimiento ha sido tan rápido que en 1984 se llevó
a cabo la segregación del municipio.