Su término municipal va desde las serranías hasta el mar, el Cabo de Gata. Es el cuarto término municipal más grande de España. Se conoce su existencia desde el siglo IX. Ibn al-Jatib habló de la "tierra blanca" de estos pagos, lo que da idea de la tradición artesana del barro.
Municipio con asentamientos desde muy antiguo. En el Mesolítico, el Neolítico final y Edad del Cobre (3.000-2.000 a. C.) con la cultura de los Millares y en la Edad del Bronce (2.500-1.800 a. C.) con la cultura de Argar. Los fenicios fundaron un templo en el Cabo de Gata, al que denominaron Promontorio de las Ágatas, en honor de una de sus diosas. Los romanos montan fábricas de salazón y explotan las minas de Rodalquilar.
Durante el periodo de Al-Andalus, Níjar tendrá poca importancia por encontrarse próxima al enclave de Pechina, pero será tenida en cuenta para construir castillos y torres de defensa y vigilancia.
La conquista cristiana se llevará a cabo en el año 1489, junto a las poblaciones de Turrillas y Lucainena. Tras las revueltas moriscas de 1568 y su expulsión en el 1570, Níjar quedará despoblada y aislada hasta el siglo XVIII. El siglo XVII fue zona de ataque de bereberes y piratas.
Con el Reglamento de Defensa de la Costa promulgada por Carlos III, se levantan castillos y zonas de defensa que permite el asentamiento de núcleos de población que se dedican principalmente al pastoreo y al cultivo de secano.
El siglo XIX será una época de esplendor para Níjar con el inicio de las explotaciones mineras. A principios de este siglo llegó a tener 14.000 habitantes. Las explotaciones de plomo llegaron hasta 1930 y comienzan entonces las de las minas de oro de Rodalquilar, ésta decayó en los años 60.
En la actualidad la principal actividad es la agricultura tradicional y de invernadero y en la zona de la costa el turismo. Sin olvidar las actividades artesanales.
En el año 1987 se declara Parque Natural Marítimo-Terrestre el Cabo de Gata-Níjar. Abarca desde la Rambla de Retamar hasta Mesa Roldán y una franja marina de 12.000 hectáreas. Es el espacio protegido marítimo-terrestre de mayor superficie y relevancia ecológica de todo el Mediterráneo Occidental europeo.