Aunque la historia de San Pedro Alcántara es algo reciente (casi siglo y medio desde que el marqués del Duero fundara la Colonia), subsisten testimonios históricos de un pasado más lejano, como
Las Bóvedas
, edificación romana del siglo III
, en ruinas; la Basílica paleo-cristiana de Vega del Mar, del siglo IV (monumento de interés histórico) o la Torre Vigía, del siglo XVI.
El origen de San Pedro Alcántara se debe al general
Manuel Gutiérrez de la Concha e Irigoyen
, primer Marqués del Duero, quien amparándose en la Ley de Colonización de tierras establecida en España en el año 1855, crea la
Colonia Agrícola
de San Pedro de Alcántara.