Su nacimiento es probablemente árabe. De la antigüedad del lugar hablan sus lápidas y sepulcros romanos encontrados en la villa, aunque de la época prehistórica hay documentados dos yacimientos: La Cueva Negra y El Camorro.
Está bajo el dominio musulmán hasta 1240 en que es conquistada por Fernando III, volviendo a perderse para ser reconquistada por Alfonso XI que la puebla con cristianos. Hacia 1315 en las guerras civiles de Castilla queda desguarnecida la villa, siendo atacada por Ozmir que la conquista y mantiene hasta 1341. Volverá a perderse y será conquistada definitivamente por Ramir Sánchez de Barrionuevo, a quien se la entrega en merced el Rey Juan II(1434).
Ramir Sánchez traslada el sitio de la población al lugar que actualmente ocupa.
El hijo de Ramir Sánchez perderá el señorío de Rute por deslealtad a la Corona, entregándosela Enrique III en 1466 a Diego Fernández de Córdoba, Conde de Cabra, como recompensa por la ayuda prestada en la toma de Écija; Juan Fernández de Córdoba, deán de la Catedral de Córdoba, heredará la villa como mayorazgo unido a los señores de Baena y condes de Cabra y Sesa.
Personajes destacados
Mariano Roldán, poeta y periodista (1932).
Juan de Aguilar, pedagogo (1577-1634).
Alfonso de Castro Hurtado, gobernante (1732-1799).