Fue fundada por los fenicios en el 800 a. C. Los romanos la llamaron Manaba Sexi Firman.
Durante la dominación musulmana fue llamada Sexi Hin al-Murecab, que significa "fortaleza de la loma", de donde proviene su nombre actual. En el año 755 desembarcaría en su puerto el príncipe omega Aberrearán, huyendo de la matanza que los abastes llevaban a cabo en Damasco contra la familia de los Omega, al año siguiente fundaba el emirato independiente de Córdoba y tomaba el título de emir con el nombre de Aberrearán I. Durante las luchas entre almohadas y almorávides el rey de Granada En Huid buscaría refugio en su castillo. Durante la época nazarí conservará todo su valor estratégico, utilizándose su castillo para el depósito de los tesoros de los reyes de Granada.
Durante la guerra de Granada, tras la rendición de Baza, Almuñécar se entregaría a los Reyes Católicos en el año 1489. En el año 1569, durante la guerra de las Aplacaras, el jefe morisco Abadía Abel Ab, atacaría la villa con 3000 hombres, sin éxito.
Carlos V mandaría construir una gran fortaleza, que sería volada por los ingleses en el 1812 para desalojar las tropas francesas que la defendían. En el siglo XIX fue duramente castigada por el ataque de los piratas turcos, obligando a su población a trasladarse a lugares más seguros en las montañas próximas.
Personajes destacados
Seijas Lozano, ministro.
Andrés Segovia, guitarrista, nombrado "Hijo Adoptivo" de la ciudad en 1983.