El Museo de Huelva se constituye sobre un edificio de nueva planta que cuenta con una superficie útil de 3.000 m2 repartidos en tres plantas y un semisótano. Al igual que ocurre con otros museos de sus mismas características, su contenido se estructuró inicialmente en tres secciones: Arqueología, Bellas Artes y Etnografía, aunque esta sección nunca estuvo realmente instalada en el museo. Para paliar esta ausencia, actualmente se promueven exposiciones temporales, en un intento por mantener vivo el entendimiento, conservación y difusión del rico patrimonio cultural de esta provincia.

Resulta de particular interés la colección de materiales mineros de época romana procedentes de Riotinto, con piezas tan singulares como la rueda hidráulica presente en el vestíbulo de acceso al museo, así como la colección de obras del pintor nervense Daniel Vázquez Díaz.