El Paraje Natural Estero de Domingo Rubio es un humedal de elevado valor ambiental que forma parte del conjunto de marismas y esteros del litoral atlántico andaluz, uno de los más importantes complejos palustres litorales de la Península. Sus aguas nutren a una importante comunidad de seres vivos que residen en la zona y, además, suponen un lugar de acogida para las aves que visitan el cercano Parque Nacional/Natural de Doñana.

Se extiende junto a las desembocaduras de los ríos Tinto y Odiel, alimentándose de las aguas provenientes del Océano Atlántico, de la confluencia de diversos arroyos, como los de Juana Ruiz, del Príncipe o de Juan Delgado, y de las escorrentías y aguas que recepciona directamente por precipitaciones. Por estas razones, las condiciones ambientales del estero varían según la influencia de las mareas; así, se distinguen tres tramos diferentes: la zona de marisma, el tramo medio y el tramo alto o lacustre.

En el tramo alto del estero, más alejado de la desembocadura la vegetación más característica está representada por pinares de piñonero. La vegetación palustre dominante en este tramo alto está esencialmente constituida por espadañales y carrizales. En la zona de marisma predomina la vegetación adaptada a elevadas concentraciones de sal, como la espartina.

En materia animal sustenta una rica y variada avifauna, contribuyendo a diversificar, junto con el resto de humedales litorales onubenses, los hábitats que sirven de refugio a numerosos contingentes de aves en sus trayectos migratorios, hecho que le ha valido la declaración como Zona de Especial Protección para las Aves. Entre el tramo medio y alto destaca la elegante garceta común, que mueve los dedos de sus amarillos pies bajo el agua mimetizando la forma y el movimiento de gusanos, lo que provoca la atracción de pequeños peces. Cuando estos se acercan, son atrapados con su largo pico. Aquí, la tupida vegetación proporciona un lugar idóneo para que muchas de estas aves aniden, como el llamativo calamón o el discreto avetorillo.

En la zona de marisma son habituales las aves limícolas como el pequeño correlimos, que se alimenta de diminutos seres vivos que se desarrollan entre las finas partículas de los limos.

La riqueza natural del paraje se complementa con una interesante oferta cultural, como así pone de relieve la presencia del Monasterio de la Rábida, donde se fraguó la primera expedición de Cristóbal Colón al continente americano; o el Muelle de la Rábida, donde se encuentran las réplicas de las embarcaciones. En este complejo se puede visitar el Parque Botánico José Celestino Mutis o dar un agradable paseo por el Muelle de la Reina.