Durante la dominación romana fue llamada Artigi y los historiadores romanos la sitúan en la época de los túrdulos.
Durante la época musulmana fue llamada Al-hama (que significa "El baño") por las virtudes curativas de sus aguas termales, elogiadas durante toda la antigüedad, hoy uno de los más reputados establecimientos termales de toda España.
El gran historiador andalusí del siglo XIV Ibn al-Jatib hizo una detallada y elogiosa descripción de la ciudad y de sus baños.
Por su situación estratégica, será plaza fuerte del reino nazarí y jugará un papel importante en la Guerra de Granada; asediada en diversa ocasiones por los cristianos, caería definitivamente en poder del duque de Arcos en 1482.
Durante la Guerra de la Independencia, destacó por su heroísmo la defensa que los alhameños hicieron de su ciudad frente a las tropas napoleónicas, causando el ejército francés grandes pérdidas, tanto en las personas como en sus propiedades. Al final se suavizaría el acoso francés con la contribución de 10000 reales reunidos entre todos los vecinos.
La ciudad fue destruida casi por completo por el terremoto de 1884; el decidido apoyo del rey Alfonso XII, y las ayudas económicas venidas de toda España, hicieron posible una rápida reconstrucción, que se realizó respetando la arquitectura anterior.