Localizado en el término municipal de Manilva, el Castillo de la Duquesa o Fortín de Sabinillas se construyó para proteger este gran fondeadero, cercano a Gibraltar, en los años en que se trataba de recuperar esta plaza militarmente, durante la guerra contra Inglaterra a causa del llamado "Pacto de Familia".

En 1767 costeó su construcción D. Francisco Paulino, vecino de Sevilla al que Carlos III, en premio, concedió la merced y retribución del mando de una compañía de caballería.

Instalado sobre una villa romana, cuyo material se reutilizó para su construcción, el material arqueológico del Museo proviene en gran parte de este yacimiento arqueológico de origen romano. Está compuesto por termas, villa, industrias de salazón de pescado y necrópolis, rodea al edificio sede del Museo, el propio Castillo.

Además, la Museo aportan materiales el yacimiento arqueológico del Cerro del Castillo o Castillejos de Alcorrín, yacimiento del Bronce Final indígena o Precolonial, auténtica fortaleza de grandes dimensiones que debió congregar a un amplio grupo de individuos. Grandes torres circulares y una gran muralla rodean todo el recinto.

En el Museo se exponen los momentos con mayor potencialidad arqueológica, que por orden cronológico serán Prehistoria, Roma y Edad Media.