La Reserva Natural Laguna de los Zóñar forma parte del complejo de humedales del sur de la provincia de Córdoba, junto con las lagunas permanentes de Rincón y Amarga, y las estacionales de Los Jarales, Tíscar y Salobral. Todas ellas ha sido protegidas por su importancia en la invernada y nidificación de aves acuáticas. Situada al sur de la población de Puente Genil, en Aguilar de la Frontera, la Laguna de Zóñar es la mayor de los seis humedales que conforman el interesante conjunto, y constituye la zona húmeda más importante de aguas permanentes de la provincia en cuanto a profundidad se refiere, condiciones que la convierten en el único lago de Andalucía.

Abarca una extensión de unas 32 hectáreas y su profundidad oscila entre los 7 m de media y 12 m de máxima, aunque en las épocas de precipitaciones extraordinarias ha llegado a alcanzar los 16 m.

Esta laguna se encuentra rodeada por un apretado cinturón vegetal compuesto fundamentalmente por carrizo, caña y, en menor medida, enea. También existe una buena representación arbórea representanda por álamo blanco y taraje. hay poblaciones estables de tejones, ginetas, meloncillos y zorros que encuentran en el conejo una importante fuente de alimento.

La Laguna de Zóñar constituye un punto clave para la malvasía, tanto en época de reproducción como de invernada. Cabe destacar la presencia del aguilucho lagunero occidental, en menor cantidad encontramos el calamón común y el tarro blanco. Entre las más frecuentes están la garza real, el ánade azulón, y el somormujo lavanco.Cercanos a estas lagunas se encuentran los parajes naturales de los embalses de Cordobilla y Malpasillo que completan el interesante atractivo de la zona para la observación de aves acuáticas. Ofrece un área recreativa habilitada.

La laguna se encuentra en el ámbito territorial de la llamada "Ruta de José María el Tempranillo".